1984年5月，原绵阳地区行署核准，剑阁县中医院在原龙泉区卫生院的基础上宣告成立。

1986年9月，2330平方米的医院门诊大楼竣工并投入使用。

1994年11月，医院通过国家二级乙等中医医院评审。

1997年12月，医院添置了本辖区首台CT。

2000年7月，4900平方米的住院综合楼竣工并投入使用。

2000年11月，医院通过国家二级甲等中医医院评审，成为广元市第一家“二甲”县级中医院。

2008年4月，门急诊改扩建工程如期竣工并投入使用。

2010年，新县城9452平方米门急诊综合大楼竣工。

2011年5月21日，医院下寺院区正式开门接诊。

2013年3月19日，剑阁县首台磁共振正式运行。

2013年10月，医院在普安院区相邻地段整体购置14000㎡业务用房的申请正式通过有关部门的审批，此项目已在建设之中，预计2015年底投入使用。

2013年11月，顺利通过了国家三级乙等中医医院评审，成为广元市县（区）级医疗机构中唯一的一所三级医院。

2018年4月，“剑阁县中医院”公章更换为“剑阁县中医医院”。

2018年11月，建成“国家三级甲等中医医院”。

2019年10月，医院吊牌更换为“剑阁县中医医院”。业务用房建筑面积已达49671㎡。